در واحد مطالعات میکروسکوپی کارشناسان زمین شناسی اقتصادی و سنگ شناسی با بکارگیری دستگاه میکروسکوپ دو منظوره (نوری-انعکاسی) به مدلKyowa-ME-POL2 به بررسی مقاطع نازک و صیقلی سنگ می پردازند.این واحد ضمن تهیه تصاویر میکروسکوپی دیجیتال از کانیهای فلزی و غیر فلزی موجود در نمونه های سنگی، گزارشات کامل پتروگرافی و مینرالوگرافی را تنظیم مینماید.
در این مطالعات ، شناسایی کانی های غیر فلزی و فلزی ، جنس سنگ ها، بررسی آلتراسیون های تاثیر گذار بر سنگ، تغییرات حاصل و علل آن مورد بررسی قرار میگیرد.این مطالعات با همفکری و تبادل نظر با کارشناسان صحرایی در جهت تهیه نقشه های زمین شناسی محدودههای مورد مطالعه، شناسایی، پیجویی و اکتشاف منابع معدنی فلزی و غیر فلزی مورد استفاده قرار میگیرد.